楼主的问题有点凌乱，要解决的问题我理解是：系统模块间逻辑复杂，项目过程中，可能存在人员请假，导致项目存在风险吗？
首先：我们理解下交叉测试，一般交叉测试在瀑布流模式中的二轮测试，功能相对比较稳定了之后，大家进行交叉测试，避免一些人员太过熟悉的漏测问题，是在任务下发之后。楼主理解的交叉测试是指模块功能间的交叉测试。
第二：如果是模块间的功能交叉测试，那就属于任务分配，测试人员应该按照测试负责人总体安排，测试负责人在排任务时，就需要考虑到功能不熟悉这块，对于测试人员请假这块，需要在任务排期时，作为一个风险项考虑进去，二是业务熟悉，也是作为风险项，但是可以降低，比如通过对用例的维护（用例是测试的核心产物），或者用例设计过程中的用例内审解决这块问题，尽量在解决业务不熟悉、排期时间不够问题。
第三：楼主说的问题解决，也可以通过技术手段，比如接口自动化，提升效率。

需要解决什么问题，有针对措施，如果没有目标，做的过程肯定会冒出其他问题。