不知道楼主解决没有，我今天也遇到了 有一种解决方案 分享给你

报错的原因基本有两个：
1.jmeter 配置文件问题
2.生成的 jtl 文件非 csv 格式

命令行执行生成的 jtl 文件格式是 csv 的，通过 ui 界面写入的文件是 xml 格式的
如果 jtl 是 csv 的 那就是配置文件个别注释未打开

具体参考https://stackoverflow.com/questions/42629732/getting-header-error-in-jmeter-when-trying-to-get-html-report

生成报告的配置中，取消掉 “save as xml” 的勾选，重新生成的 jtl，就可以直接用命令生成报告了。